Se evidencian brechas de género en acceso y graduación de la educación superior. Este trabajo avanza en la construcción de un índice de brechas en aprendizaje en la educación superior, evidenciado en Saber Pro, que muestre dichas brechas en los departamentos de Colombia entre 2016 y 2018. Repetidamente se reportan diferen-cias significativas entre puntajes de hombres y mujeres en Saber Pro, en el contexto de diferencias según su origen social. Para realizar el análisis propuesto en este trabajo, se confirma la distribución no normal de los puntajes de hombres y mujeres en las cinco competencias evaluadas en Saber Pro (prueba de Kolmogorov-Smirnov), y las diferencias estadísticamente significativas entre puntajes de hombres y mujeres en estas competencias, a nivel nacional y en diferentes departamentos (pruebas no paramétricas U de Mann-Whitney y Kruskall-Wallis). Luego, se presentan resultados del índice de brecha de rendimiento por género propuesto por competencia en Saber Pro y por departamento. Las brechas por género tienden a mantenerse en los departamentos con mayor número de estudiantes en Saber Pro, y las menores, en departamentos con menor desempeño en este examen. Esto se discute desde la concentración geográfica de oportunidades.